誅殺劉毅后，駐節(jié)江陵的劉裕一西安撫制湘民眾。另一方面在密謀趁勢(shì)發(fā)兵消滅西蜀。
然而，就在劉裕為討伐西蜀積極準(zhǔn)備的時(shí)候，京師建康的諸葛長(zhǎng)民就蠢蠢欲動(dòng)。
長(zhǎng)期以來(lái)，諸葛長(zhǎng)民貪婪不法，常常害怕劉裕追究自己的責(zé)任。他聽說(shuō)劉毅被殺的消息，對(duì)親信說(shuō)∶“去年殺彭越，前年殺韓信，大禍將至了??！”諸葛長(zhǎng)民的弟弟、輔國(guó)大將軍諸葛黎民輕率好利，他反復(fù)勸說(shuō)哥哥道∶“黥布、彭越情形各不相同，而均遭到殺身之禍，今劉毅被殺，諸葛氏也是唇亡齒寒，應(yīng)該趁著劉裕離開京師，發(fā)動(dòng)政變!”
諸葛長(zhǎng)民又給冀州刺史劉敬宣寫信，探聽劉敬宣的口風(fēng)，他說(shuō)∶“盤龍（即劉毅的小名）兇狠恣肆，自取滅亡，異己將被誅滅殆盡。世道將要恢復(fù)正常，富貴之事，將與大人共同享有?！?/p>
劉敬宣回信說(shuō)∶“下官自義熙以來(lái)，前后將近十年，歷任三州七郡。如今杖節(jié)在此，常恐富貴過(guò)頭，禍患將生，經(jīng)常思量著躲避滿盈，寧愿受損吃虧，至于富貴之意，實(shí)不敢當(dāng)?！?/p>
劉敬宣將諸葛長(zhǎng)民的書信全部秘密送交荊州的劉裕，劉裕對(duì)長(zhǎng)史王誕說(shuō)∶“我就知道阿壽（劉敬宣的小名）不會(huì)辜負(fù)我的!”
此時(shí)建康的局勢(shì)十分緊張，劉穆之一直擔(dān)心諸葛長(zhǎng)民會(huì)發(fā)動(dòng)政變，他偷偷詢問(wèn)太尉初級(jí)參軍何承天說(shuō)∶“太尉此行能否成功?”
何承天回答∶“荊州戰(zhàn)事不必?fù)?dān)心不能馬上了結(jié)，只是尚有另一件值得憂慮的事。太尉昔年左里大捷以后，回到石頭城戒備松弛，這次回京師，應(yīng)當(dāng)謹(jǐn)慎對(duì)待，周密安排啊?！?/p>
劉穆之回答∶“不是你，我聽不到此種忠言。如果處置不當(dāng)，我以后想做丹徒劉郎，也不能了啊?！焙纬刑斓奶米婢褪俏鲿x末年太傅司馬越的右衛(wèi)將軍何倫。
建康暗流涌動(dòng)，讓江陵的劉裕十分焦慮。長(zhǎng)史王誕（王導(dǎo)曾孫，王恬之孫）自從投靠劉裕后，對(duì)劉裕忠心耿耿，這次討伐劉毅，王誕還在服喪，他身穿孝服從行。劉毅被平定以后，王誕請(qǐng)求先行東下，劉裕說(shuō)∶“諸葛長(zhǎng)民似乎有自疑之心，你豈能隨便東下?”
王誕回答∶“諸葛長(zhǎng)民知道大人對(duì)我十分信任，如今，我單人東下，令他感到大人對(duì)其并無(wú)疑慮，這樣一來(lái)，也能稍稍讓他安心。”
劉裕笑著說(shuō)“你的勇氣可謂是超過(guò)了古代的猛士孟賁、夏育了啊”王誕遂先期東下。
誅殺劉毅后，駐節(jié)江陵的劉裕一西安撫制湘民眾。另一方面在密謀趁勢(shì)發(fā)兵消滅西蜀。
劉裕這次討伐劉毅所帶的總兵力有四萬(wàn)多人馬，他決定分出一半兵力，去消滅西蜀譙縱，自己則率領(lǐng)剩余的二萬(wàn)多人馬回到京師，去對(duì)付諸葛長(zhǎng)民。
計(jì)劃確定后，行軍元帥一職卻找不到合適人選。假如沒(méi)有諸葛長(zhǎng)民在建康蠢蠢欲動(dòng)，劉裕勢(shì)必會(huì)親自率軍西上，而此時(shí)，他要回去安頓好后方。思來(lái)想去，劉裕選定了一個(gè)人，他就是朱齡石。
朱齡石自劉裕舉義即加入到劉裕部隊(duì)，參加了討伐南燕、建康保衛(wèi)戰(zhàn)，被升為西陽(yáng)太守、寧遠(yuǎn)將軍、寧蠻校尉。當(dāng)劉裕提議朱齡石擔(dān)任西征軍統(tǒng)帥時(shí)，大家都認(rèn)為朱齡石的資歷較淺，并不是合適人選，但劉裕不從。義熙八年十二月，也就是劉裕誅滅劉毅一個(gè)月后，他即任命朱齡石為建威將軍、益州刺史，率領(lǐng)寧朔將軍臧熹、河間太守蒯恩、下邳太守劉鐘、龍?bào)J將軍朱林等人籌備進(jìn)攻西蜀。
劉裕與朱齡石密謀，說(shuō)∶“劉敬宣往年西征，從黃虎（四川綿陽(yáng)）方向進(jìn)攻，無(wú)功而返。敵人認(rèn)為我軍此次進(jìn)攻理應(yīng)從外水發(fā)起進(jìn)攻。因此，敵人肯定會(huì)以重兵繼續(xù)防守涪城（四川三臺(tái)），防守內(nèi)水。如果我軍主力還去進(jìn)攻黃虎的話，將正中敵人圈套。如今要以主力部隊(duì)從外水進(jìn)攻，以疑兵從內(nèi)水北上，這是戰(zhàn)勝敵人的一條奇計(jì)。"這就是兵法上所謂的虛虛實(shí)實(shí)。
劉裕擔(dān)心消息提前泄露，專門寫了一封命令信，封好后交給朱齡石，在信的封面上注明∶"部隊(duì)抵達(dá)白帝城以后再打開。"毛修之堅(jiān)決要求從行，但劉裕考慮到毛修之到蜀地后，肯定會(huì)濫殺無(wú)辜，以報(bào)滅門之恨。于是將他帶回京師，任命為黃門侍郎，不久轉(zhuǎn)為右衛(wèi)將軍。
部署停當(dāng)后，劉裕并沒(méi)有立即讓西征軍出發(fā)，這是因?yàn)?，他還擔(dān)心京師的事情有變。十二月，東晉朝廷以討平劉毅之功，進(jìn)封劉裕為太傅、揚(yáng)州牧，加羽葆、鼓吹，班劍二十人，也就是在此前后，劉裕率領(lǐng)大軍開始東下了。劉裕這次東下，應(yīng)該是采納了人在建康的劉穆之的建議，經(jīng)過(guò)了精心策劃的。他提前將部隊(duì)的輜重等用船只隔三差五地運(yùn)回建康，造成不日就會(huì)回到建康的假象，與此同時(shí)，還多次派人通知朝廷自己抵京的確切日期，以致諸葛長(zhǎng)民等朝廷官員數(shù)次前往新亭迎接，卻屢屢落空。劉裕的這一舉措，無(wú)非是為了迷惑諸葛長(zhǎng)民，盡可能打亂他孤注一擲的決心，爭(zhēng)取寶貴時(shí)間。
義熙九年（公元413年）二月三十日，劉裕乘坐輕快小船，進(jìn)入建康，神不知鬼不覺(jué)地進(jìn)入東府（原司馬道子府?。?。第二天一早，諸葛長(zhǎng)民驚聞劉裕已經(jīng)回到京師，趕忙前去東府拜見(jiàn)。劉裕提前將武士丁昨等人埋伏在幕后，然后引諸葛長(zhǎng)民進(jìn)屋交談。劉裕將生平從未吐露的隱私都和盤托出，諸葛長(zhǎng)民也非常高興，兩人晤談甚歡。交談許久，丁昨等人從幕后走出，從背后將諸葛長(zhǎng)民抓住。諸葛長(zhǎng)民素來(lái)驍勇，但好漢不敵四手。他從床上落地，丁昨等人又在地上拳腳交加，將其活活打死在床邊。劉裕命令將尸體送交廷尉處理，并誅殺了其弟諸葛黎民、諸葛幼民和其堂弟諸葛秀之。
誅殺諸葛氏后，劉裕推辭了太傅、揚(yáng)州牧等職，接受了諸葛長(zhǎng)民遺留下來(lái)的豫州刺史一職，此時(shí)，劉裕的職務(wù)是∶太尉、中書監(jiān)、徐州刺史、豫州刺史。這次，當(dāng)然還是劉裕避虛就實(shí)的一貫做法。
劉裕順利處理了諸葛長(zhǎng)民以后，他才下令西征軍向蜀地進(jìn)發(fā)。
義熙九年六月，朱齡石率領(lǐng)的西征大軍進(jìn)抵白帝，此時(shí)，西蜀勢(shì)力大約已從白帝退去。在進(jìn)軍途中，各軍將領(lǐng)均不知道自己的攻擊路線，到了白帝后，朱齡石打開了劉裕的書信，只見(jiàn)信中寫道“主力部隊(duì)全部從外水進(jìn)攻成都，臧熹、朱林從中水進(jìn)攻廣漢（四川廣漢），命令老弱病殘之兵乘坐十幾條高大的戰(zhàn)艦，從內(nèi)水向黃虎進(jìn)發(fā)?！庇谑?，西征軍按照劉裕的指示，倍道兼行，分頭向成都撲去。
譙縱果然命令譙道福率領(lǐng)重兵防守內(nèi)水上游的涪城，而派遣征討都督譙亢，前將軍、秦州刺史侯輝，尚書仆射、蜀郡太守譙洗等率領(lǐng)一萬(wàn)人馬，駐守在外水上游的彭模（四川彭山），設(shè)置層層木柵，夾水為城。
同月，朱齡石的主力部隊(duì)迅速推進(jìn)到了彭模，距離成都僅二百多里。當(dāng)時(shí)，蜀軍號(hào)稱三萬(wàn)，分據(jù)岷江南北兩座城池，北城駐扎有重兵，而南城則兵力薄弱，屬于牽制部隊(duì)。
七月，晉軍投入全部精銳從四面對(duì)北城發(fā)起了總攻。戰(zhàn)斗從當(dāng)天清晨開始，一直持續(xù)到太陽(yáng)偏西。經(jīng)過(guò)將近一整天的苦戰(zhàn)，晉軍終于攻陷了平模北城，焚燒了蜀軍大量戰(zhàn)艦，陣斬了蜀軍大將侯輝、譙洗。然后，晉軍回師再進(jìn)攻南城，南城守軍登時(shí)奔潰。此戰(zhàn)晉軍共斬殺十五員蜀軍大將，平模附近蜀軍的各個(gè)堡壘頓時(shí)土崩瓦解。晉軍丟下戰(zhàn)艦，從陸地朝成都挺進(jìn)。與此同時(shí)，從中水而上的劉裕妻弟、龍?bào)J將軍臧熹，也進(jìn)抵廣漢城下。譙縱命令大將譙撫之率領(lǐng)一萬(wàn)多人，駐守在牛脾城（四川簡(jiǎn)陽(yáng)西），另外派遣譙小茍固守打鼻。臧熹、朱林率軍進(jìn)攻牛脾城，譙撫之戰(zhàn)敗被殺，譙小茍聽說(shuō)譙撫之戰(zhàn)敗，也倉(cāng)皇退去。不久，臧熹在牛脾城得病去世，年僅39歲，其子即為劉宋時(shí)期的大將臧質(zhì)。
七月五日，得知各處均遭到慘敗的消息，西蜀主譙縱倉(cāng)皇逃離成都，西蜀尚書令馬耽封好府庫(kù)，以待晉軍。七月九日，朱齡石大軍兵不血刃順利進(jìn)入成都，誅殺了譙縱祖父以下的近親，其余人員一個(gè)不殺，恢復(fù)正常生活。譙縱逃離成都后，先拜別祖先的墳?zāi)?，他的女兒說(shuō)∶"我們逃跑是肯定逃不掉的，只會(huì)自取其辱罷了。同樣是死，就死在祖先的墳?zāi)古园??！?/p>
譙縱不從，繼續(xù)北上前往涪城，打算投奔譙道福。
然而，駐守涪城的譙道福聽說(shuō)平模慘敗后，即率領(lǐng)五千精銳部隊(duì)火速南下，準(zhǔn)備協(xié)防成都。雙方在途中相遇，譙道?？吹阶S縱竟然棄城而來(lái)，不禁大怒，說(shuō)道∶“大丈夫擁有如此功業(yè)，豈能白白丟掉?如今，即使要當(dāng)俘虜，也不能當(dāng)成?人生誰(shuí)不會(huì)死，又有什么可怕的啊!”
譙道福憤怒之極，竟朝譙縱扔來(lái)寶劍，刺中了譙縱的馬鞍。譙縱逃入山林上吊而死，巴西百姓王志將其頭顱割下，送交朱齡石。
譙道?？吹阶S縱已死，為了穩(wěn)定軍心，他對(duì)部下說(shuō)∶“我豢養(yǎng)你們，就是為了今天!蜀國(guó)的生死存亡，全在于我，而不在譙王。譙王雖然自殺了，但我譙道福尚在，我們還能繼續(xù)戰(zhàn)斗!”大家都表示同意。
譙道福將隨身的金銀布帛全部散給將士們。然而，成都陷落、譙縱身死，已經(jīng)讓大家喪失了信心，再無(wú)戰(zhàn)心，人們接到賞賜以后，都四散而去。譙道福只身逃往獠人部落，被巴西人杜瑾逮捕，將他送交朱齡石，朱齡石下令在軍營(yíng)門前，將其誅殺。
東晉朝廷以平蜀之功，加封朱齡石為輔國(guó)將軍，監(jiān)梁州之巴西、梓潼、宕渠南、漢中及秦州之安固、懷寧六郡諸軍事，豐城縣侯，食邑千戶。