天啟六年（1626年）八月，茅元儀從獄中被放出回到南京，過(guò)完中秋節(jié)后回到了湖州老家。算是躲過(guò)了閹黨的迫害。天啟七年八月，崇禎即位，其后就將魏忠賢打翻在地，十一月魏忠賢自殺，十二月以后魏忠賢一黨的核心人物相繼被殺。
茅元儀艱難的復(fù)出之路
雖然魏忠賢死了，但敵視東林黨的政治人物仍然廣泛地存在著。孫承宗復(fù)出艱難，茅元儀更是如此。茅元儀再次北上，將新修訂的《武備志》上交朝廷以備軍事使用。即使崇禎看到茅元儀進(jìn)呈的《武備志》后表示贊許，但王在晉、張瑞圖等人鼓噪下，茅元儀仍然“以言論罪”，被要求在江村“緘口（言）思過(guò)”。
其實(shí)，無(wú)論是“大言”還是后來(lái)的“孤傲”，茅元儀之所以被實(shí)權(quán)人物批判，主要就是其言論、做事方法傷害了官場(chǎng)習(xí)慣，特別是在“黨爭(zhēng)”之下，他和孫承宗的關(guān)系，孫承宗和東林黨的關(guān)系。
無(wú)論你說(shuō)得多么正確，你能給“我”帶來(lái)什么利益？不能，那就是再好再正確也沒(méi)用。
至于我們后人所想——“如果失敗了，大家全都完了”的理念，在“黨爭(zhēng)”時(shí)，每個(gè)人都不會(huì)想這些；即使想了，也會(huì)認(rèn)為自己不會(huì)失敗，大明根本不會(huì)亡；即使解決不了，改朝換代又能怎樣，難道他們就不需要官了嗎？
由此，茅元儀的“復(fù)出之路”很艱難。
茅元儀的復(fù)出傳奇與茅元儀之死
要不是有1629年，后金軍隊(duì)突擊京畿，茅元儀率領(lǐng)24騎保護(hù)孫承宗從東便門突出重圍這一傳奇。茅元儀恐怕還要繼續(xù)閉門思過(guò)。在第二次督師遼東中，茅元儀再次因“孤傲”被罷官。從1630年冬開(kāi)始便處于發(fā)配狀態(tài)。第二次從軍時(shí)間短，幾乎沒(méi)有什么出色的表現(xiàn)。
從1630年到1640年茅元儀去世的十年中，茅元儀三次前往發(fā)配地福建，其中雖有再次“復(fù)出”的機(jī)會(huì)，仍然屢次失望。其間，曾經(jīng)的同事、好友不斷戰(zhàn)死，就連恩師、伯樂(lè)孫承宗也終被殺。表面上，雖有歌姬美女相伴、好友相陪，其內(nèi)心仍然苦悶。
崇禎十三年（1640年），面對(duì)清軍在外、農(nóng)民軍在內(nèi)的亂局。茅元儀借酒澆愁，哭笑不斷，從早到晚皆是如此，最終暴醉而卒。
那么，茅元儀的才能是有的，但始終沒(méi)有真正的發(fā)揮出來(lái)，為什么？就在于黨爭(zhēng)。
大明朝不缺人才，缺的是沒(méi)有黨爭(zhēng)的穩(wěn)定
閹黨、楚浙齊昆宣秦和東林黨中都不乏人才，特別是東林和閹黨（包括依附閹黨的人）內(nèi)也算是人才濟(jì)濟(jì)。但在“黨爭(zhēng)”之下卻皆成小人。晚明“黨爭(zhēng)”劇烈，主要是明朝的社會(huì)風(fēng)氣已經(jīng)變化、傳統(tǒng)權(quán)力斗爭(zhēng)、選官選才導(dǎo)致為自保而不得不加入“黨爭(zhēng)”三個(gè)方面原因造成。
其一：在新舊兩個(gè)時(shí)代的斗爭(zhēng)中，新時(shí)代已經(jīng)形成統(tǒng)治地位，但新時(shí)代并不成熟
在“心學(xué)”沖擊傳統(tǒng)理學(xué)的百年時(shí)間里，人人高度自我下以物欲、人欲為核心下，傳統(tǒng)的忠君愛(ài)國(guó)思維蕩然無(wú)存。但無(wú)論是新時(shí)代還是舊時(shí)代都有其合理性，問(wèn)題的關(guān)鍵是你得形成穩(wěn)固的體系。你把儒家思想中的“忠君愛(ài)國(guó)”推翻了，那么，你建立怎樣的思想體系？這種思想體系必須要經(jīng)過(guò)長(zhǎng)時(shí)間的思想打造，而且還得有其合理性。
可問(wèn)題是，你還沒(méi)有打造新的思想體系，內(nèi)部大型自然災(zāi)害來(lái)了、外部敵人來(lái)了。你的新的思想體系（以人人為錢為基礎(chǔ)，但一方面你得像西方那樣用理論將儒家的“仁愛(ài)”“和合”等觀念，偷換為“強(qiáng)盜思維”。
因?yàn)?，依靠傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)文明你無(wú)法為“人人為錢”的思維給絕大部分人帶去希望）根本無(wú)法打造，結(jié)果，清朝建立后一切從零開(kāi)始，重新把舊的思想體系建立起來(lái)。
其二：各色人等通過(guò)物欲、人欲，都有了“自己的利益代言人”
例如，從朱元璋時(shí)代就開(kāi)始的“禁?！闭邔?dǎo)致“地下經(jīng)濟(jì)”——海盜、走私犯勢(shì)力巨大（經(jīng)濟(jì)和軍事能力，特別是正德以后對(duì)西方武器的使用），獲得“無(wú)視”下默認(rèn)，由此，他們有利益代言人。
例如，由于商品經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)，商人在萬(wàn)歷時(shí)期正式獲得戶籍（在此之前，通過(guò)各種手段也可以參加科舉，但卻并非是整個(gè)商人階層），由此，大規(guī)模進(jìn)入官場(chǎng)。