初平二年（191年）的秋天，以于毒、白繞、畦固為首的黑山農(nóng)民軍，開(kāi)始向冀州的心臟鄴城推進(jìn)，并有渡過(guò)黃河南攻兗州的動(dòng)向。而這時(shí)青州的黃巾軍一百多萬(wàn)人，因受到袁紹所委派的青州刺史臧洪的軍事壓力，也正分兩路向河北移動(dòng)，有與河北的黑山軍會(huì)師之勢(shì)。
如果河北的黑山軍渡黃河而南，或青州的黃巾軍渡黃河而北，兩支數(shù)近百萬(wàn)的大軍一旦會(huì)師，黃河中下游的力量對(duì)比就會(huì)引起急而深刻的變化。這樣，關(guān)東州郡盡管充滿(mǎn)內(nèi)部矛盾還是要集中力量來(lái)對(duì)付農(nóng)民軍。
袁紹一方面要用堵?lián)艋驍r截的方法來(lái)破壞農(nóng)民軍兩路會(huì)師的計(jì)劃；一方面又想利用這一時(shí)機(jī)，把自己的勢(shì)力擴(kuò)展到兗州，使青、兗、冀三州聯(lián)系起來(lái)這樣，黃河中下游就全部受他的控制了。要完成這一任務(wù)，不得不借重曹操。
于是袁紹以東郡太守王肱不能抵抗黑山農(nóng)民軍為借口，派曹操引兵進(jìn)入東郡，圍攻黑山軍。在曹操剛一擊潰以白繞為首的黑山軍于濮陽(yáng)（今河南濮陽(yáng)南）之后，袁紹就以盟主的資格，發(fā)表曹操擔(dān)任東郡太守的職位，袁紹此時(shí)滿(mǎn)以為自己的勢(shì)力范圍從此可以擴(kuò)大到兗州地區(qū)了。
經(jīng)過(guò)對(duì)農(nóng)民軍瘋狂地鎮(zhèn)壓和掃蕩以后，到了初平三年（192年）的春天，曹操才把黃河以南的黑山軍基本肅清。可是就在同年的夏天，青州的黃巾軍卻因渡河北上受阻，轉(zhuǎn)而把主力向兗州推進(jìn)。
曹操
這一支農(nóng)民軍的主力進(jìn)入兗州以后，首先攻下了任城（今山東濟(jì)寧市東南），殺死任城相鄭遂；接著在東平（今山東東平）附近，擊潰了兗州主力軍兗州刺史劉岱的部隊(duì)，在陣上斬殺劉岱并繼續(xù)向壽張（今山東東平西南）方向移動(dòng)。充州刺史劉岱陣亡，州中無(wú)主，濟(jì)北（國(guó)都盧，今山東長(zhǎng)清南）相鮑信和兗州治中萬(wàn)潛等和曹操取得聯(lián)絡(luò)，推曹操出任兗州牧。曹操接受兗州牧名義之后，即與鮑信聯(lián)軍堵?lián)艮r(nóng)民軍于壽張東郊。經(jīng)過(guò)晝夜苦戰(zhàn)，農(nóng)民軍雖然陣斬鮑信，并幾乎擊垮曹操的軍隊(duì)，但農(nóng)民軍亦因損失太重，不得不向濟(jì)北方向撤退。
曹操縱兵追擊，到了這一年的十二月，他終于把青州黃巾軍主力擊潰，收編降附男女百余萬(wàn)口，得降兵三十余萬(wàn)。曹操就從收編過(guò)來(lái)的黃巾軍中選拔精銳，來(lái)充實(shí)并擴(kuò)大自己的隊(duì)伍，當(dāng)時(shí)稱(chēng)這支兵為“青州兵”。這支青州兵以后在曹操轉(zhuǎn)戰(zhàn)中原的統(tǒng)一戰(zhàn)爭(zhēng)中曾起過(guò)很大的作用。
曹操剛把青州黃巾軍打敗，他在兗州的統(tǒng)治地位還來(lái)不及進(jìn)一步鞏固。長(zhǎng)安的漢政府由于兗州刺史劉岱陣亡，就任命一個(gè)叫金尚的為兗州刺史，令其趕來(lái)兗州就任。曹操得到這個(gè)消息，預(yù)先派兵在兗州邊界迎擊，金尚只得投奔南陽(yáng)袁術(shù)。
袁術(shù)是袁紹的弟弟，是嫡出；袁紹卻是庶出，其父袁逢又把袁紹出繼給二兄袁成。當(dāng)袁紹據(jù)有青冀二州的時(shí)候袁術(shù)也據(jù)有戶(hù)口數(shù)百萬(wàn)，手工業(yè)商業(yè)都比較發(fā)達(dá)的南陽(yáng)郡。袁術(shù)野心大，想做皇帝。他看不起袁紹，認(rèn)為哀紹是他家“婢使”之子，對(duì)袁紹充當(dāng)關(guān)東牧守的盟主非常不服氣，兄弟之間關(guān)系很緊張。袁術(shù)曾遠(yuǎn)交幽州的公孫瓚，企圖顛覆袁紹在河北的統(tǒng)治勢(shì)力，袁紹也聯(lián)絡(luò)荊州的劉表來(lái)牽制袁術(shù)。
袁術(shù)
初平三年（192年）冬天，距離曹操擊降青州黃巾軍不滿(mǎn)二十天，袁術(shù)就和公孫瓚遙遙配合，開(kāi)始向曹操和袁紹進(jìn)攻。同年的年底，龍湊（在今山東平原境內(nèi)，古黃河津渡）一役，袁紹擊潰了公孫瓚的來(lái)犯部隊(duì)。第二年正月，袁術(shù)進(jìn)軍陳留，與曹操作戰(zhàn)正處于膠著狀態(tài)的時(shí)候，荊州牧劉表從襄陽(yáng)進(jìn)逼袁術(shù)的根據(jù)地南陽(yáng)，并切斷了袁術(shù)的糧道，由此袁術(shù)主力不戰(zhàn)自潰，向襄邑（今河南睢縣西）、寧陵（今河南寧陵?yáng)|南）一帶退卻。
從此袁術(shù)失掉南陽(yáng)，退到淮北，又從淮北退到淮南，以壽春（今安徽壽縣）為根據(jù)地。袁術(shù)退到淮南以后，西面受到荊州牧劉表的威脅，東北面又不可能向徐州發(fā)展，于是想利用江東籍的將領(lǐng)孫策來(lái)經(jīng)略大江以南，這引起了以后孫策的渡江和拓定江南，給東吳政權(quán)奠定了基業(yè)。
曹操于初平四年（193年）春天把袁術(shù)擊退，在同年秋天，就發(fā)動(dòng)進(jìn)攻徐州（治下邳，今江蘇睢寧西北）牧陶謙的戰(zhàn)爭(zhēng)。
曹操進(jìn)攻徐州，有兩個(gè)原因。第一個(gè)原因，當(dāng)時(shí)曹操是依附袁紹的，可是陶謙卻和公孫瓚結(jié)成聯(lián)盟，與袁紹為敵。當(dāng)公孫瓚進(jìn)攻袁紹的時(shí)候，陶謙還曾出兵配合公孫瓚進(jìn)攻袁紹。因此，袁紹擊退公孫瓚、曹操擊潰袁術(shù)之后，他們就必然要把兵鋒轉(zhuǎn)向徐州。
但是那時(shí)河北地區(qū)的黑山農(nóng)民軍于毒部又活躍起來(lái)，一度進(jìn)入冀州的心臟鄴城，袁紹忙于鎮(zhèn)壓黑山農(nóng)民軍，無(wú)暇遠(yuǎn)略，所以進(jìn)攻陶謙的責(zé)任，就落在曹操一個(gè)人身上。
第二個(gè)原因，曹操的父親曹嵩本來(lái)居住在故鄉(xiāng)譙縣，山東牧守兵起，他從譙縣避難至瑯邪（國(guó)都開(kāi)陽(yáng)，今山東臨沂北）。曹操出任兗州牧后，想把父親接到任所。曹嵩走到兗州屬郡泰山界內(nèi)華縣（今山東費(fèi)縣東北）、費(fèi)縣（今山東費(fèi)縣西北）界內(nèi)，遭到陶謙的部將張闿等的襲擊，曹嵩及其次子曹德全家數(shù)十口都被殺死，一百多車(chē)財(cái)物也被掠一空。所以曹操攻入徐州，志在復(fù)仇。
曹操攻入徐州境內(nèi)，接連攻下彭城（今江蘇徐州市）以北的十多座城市，屠殺人民數(shù)萬(wàn)口，這帶破壞得“雞犬亦盡，墟邑?zé)o復(fù)行人”。曹操在徐州屠殺了一陣以后，軍食亦盡，到興平元年（194年）春天退回兗州。
陶謙
曹操將軍隊(duì)略加整補(bǔ)，后方也略加部署之后，就在同年的夏天，再度進(jìn)攻徐州，還是和上次那樣，“所過(guò)多所殘戮”，最后還想進(jìn)攻陶謙所駐的下邳，由于陶謙的堵?lián)?，同時(shí)兗州境內(nèi)，正醞釀著一次巨大的政變，陳留太守張邈聯(lián)絡(luò)駐屯東郡的曹操部將陳宮，迎呂布出任兗州牧，共拒曹操，這就迫使曹操不得不迅速把自己軍隊(duì)從徐州撤回來(lái)了。
呂布?xì)⒘硕恳院?，王允并沒(méi)有怎樣重用他。董卓部將進(jìn)攻王允，圍攻長(zhǎng)安城時(shí)，呂布率百余騎自長(zhǎng)安逃出，由武關(guān)（今陜西商州東）至南陽(yáng)，想投奔袁術(shù)，但為袁術(shù)拒絕。他又投奔袁紹，又遭袁紹猜忌，乃改投張楊（故何進(jìn)部將）于河內(nèi)。途中經(jīng)過(guò)陳留，和張邈“把手共誓”。
自從曹操出任兗州牧以后，張邈和曹操之間的關(guān)系開(kāi)始惡化，這時(shí)張邈和陳宮聯(lián)合，派兵迎呂布進(jìn)駐濮陽(yáng)（今河南濮陽(yáng)南，本為東郡治所，曹操做東郡太守，移東郡治東武陽(yáng)，今山東莘縣西南），推布為兗州牧。
由于張邈和陳宮在兗州陳留、東郡等地區(qū)擁有一定的地方勢(shì)力，因此他們出來(lái)反對(duì)曹操，立時(shí)“郡縣響應(yīng)”。只有曹操的駐地鄄城（今山東鄄城北）和東郡的兩個(gè)屬縣范（今河南范縣東南）、東阿（今山東陽(yáng)谷東北）兩城在曹軍堅(jiān)守中。這時(shí)曹操抽調(diào)了絕大兵力去攻打徐州、“留守兵少”，后方非?？仗摚鴥贾荩ㄛ渤牵┏莾?nèi)的督將大吏，多與張邈、陳宮通謀”，對(duì)曹操說(shuō)來(lái)形勢(shì)是極危險(xiǎn)的。
曹操自出任兗州牧之后，已把東郡太守讓給自己最親信的將領(lǐng)夏侯?lèi)獊?lái)?yè)?dān)任。到曹操去攻打徐州時(shí)，又把兗州后方的留守事務(wù)交給荀彧去處理。荀彧趕忙把夏侯?lèi)能婈?duì)從東郡調(diào)回鄄城，連夜殺督將大吏謀叛迎呂布者數(shù)十人，把兗州的政治中心鄄城穩(wěn)定了下來(lái)。同時(shí)又派東阿人程昱前往范、東阿兩城，鼓勵(lì)當(dāng)?shù)毓倮簟熬艹菆?jiān)守”。呂布進(jìn)攻鄄城不克，西屯濮陽(yáng)。曹操便回軍攻打濮陽(yáng)，濮陽(yáng)大姓田氏在城內(nèi)響應(yīng)曹操，曹操親率戰(zhàn)士入城，可是巷戰(zhàn)失利，險(xiǎn)些被呂布的騎兵抓住。結(jié)果冒著火焰，從東門(mén)逃出，左手掌被火燒傷。
曹操和呂布交戰(zhàn)了百多天。戰(zhàn)斗的持續(xù)進(jìn)行，使得農(nóng)民無(wú)法從事生產(chǎn)。這年夏天，蝗蟲(chóng)又特別多，發(fā)生了大饑荒,“百姓大餓”。呂布也是非常缺乏軍糧，只得退兵。九月間曹操回到鄄城，呂布也退屯山陽(yáng)郡治昌邑（今山東金鄉(xiāng)西北）。曹操用了一年多時(shí)間，才把兗州的郡縣陸續(xù)收復(fù)。到了興平二年（195年）的夏天，經(jīng)過(guò)巨野（今山東巨野南）會(huì)戰(zhàn)，曹操終于擊敗了呂布，使呂布不得不向徐州方向逃奔。張邈隨呂布南奔，后來(lái)為其部下所殺。
這樣，曹操在兗州的統(tǒng)治地位總算漸漸穩(wěn)固下來(lái)。當(dāng)曹操同呂布作戰(zhàn)相持不下之際，袁紹曾派人勸說(shuō)曹操把家屬遣送到鄴城居住，實(shí)際上就是叫曹操對(duì)袁紹“稱(chēng)臣納質(zhì)”。
曹操的謀臣程昱等人表示反對(duì)，曹操也沒(méi)有答應(yīng)。從這一樁事可以看出，一方面當(dāng)時(shí)“袁曹方睦”，他們之間的關(guān)系還算和睦；另一方面隨著時(shí)間的推移，形勢(shì)的進(jìn)展，袁曹之間的矛盾也快要表面化了。